メトロイドプライムの惑星ターロンIVを舞台に、モーフボールとなったサムスをピンボールの球に見立ててゲームを進める。従来のピンボール同様、テーブルの下に球を落とすとミスとなるほか、敵からの攻撃でダメージを受けたり、メトロイドにエネルギーを吸収されることで体力が0になるとミスになる。
アイテムやイベント（コンバットモード）によってはミサイルやボムを発射したり、モーフボールを解除してビームの連射攻撃をすることもある。