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日本未放送，美、加、臺已放送

前期劇情（ep.1~26）
雖然先前日子在其他次元，有邪惡組織對爆丸世界的創始生命的覬覦奪取，但在爆丸戰士的守衛之下，並未對爆丸世界造成影響，再次讓爆丸世界回歸應有和平。時間來到一年後，爆丸Inter-space的發展急速澎漲，爆丸對戰亦出現了完善的聯賽賽制。而在比賽中，獨角巨龍屢次力量失控、當中衍生出來的鋼鐵巨人的出現和大肆破壞，令小彈心理壓力不斷上升，其後更退出賽場，使爆丸戰士間的友情受到重大考驗。在此同時，有一支被稱作「渾沌軍團（Chaos Army）」的神祕參賽隊伍，對爆丸戰士與其他參賽者發動迅雷不及掩耳的震撼打擊，促使爆丸戰士與其他參賽者團結一致，立誓擊退強敵；然而，混沌軍團的首腦梅格梅爾在大舉侵略的同時，似乎與小彈和獨角巨龍有過節，而小彈和梅格梅爾兩人間的死鬥也秘密的在烽火連天的爆丸戰場的邊緣無聲無息的展開了……

後期劇情（ep.27~46）
自從梅格梅爾連同混沌軍團被爆丸戰士擊垮並覆滅後，回復了短暫的和平。而爆丸亦可以到地球與人類一起生活，爆丸對戰更變成了地球的職業賽事，就在小彈、小駿、丸兆和鋼士四人的頂尖決戰中，天上突然降下了以魏斯門為首的四部鋼鐵巨人，與八隻邪惡爆丸組成的「九重魔（Nonet Army）」，企圖消滅獨角巨龍和摧毀爆丸世界，小彈、丸兆和小駿再度為了保護他們共同生活和爆丸世界挺身而出，並爆發了一場攸關全人類與爆丸生存的終極決戰。同時，在九重魔背後操縱一切的神秘人物魏斯門，在神秘的面具之下構思著一場驚天動地的陰謀