荒ぶる神にすべてを喰われ、誰もが明日を見失っていた時代。世界各地に突如現れたアラガミに対して、何もかも奪われて人類はアラガミの脅威に対抗すべく、新世界防衛機構フェンリルを創設する。フェンリルは神の細胞より戦士ゴッドイーターを創り出した。西暦2072年、フェンリルのアメリカ支部へ配属された主人公シルバはエドガー、ミズキ、ジェイクらとチームとなり、次々に襲い来るアラガミとの過酷な日々を過ごす。