「ARK9」是以未来的世界为舞台展开故事，讲述在某一天，人类失去了世界的一半——为了抵御“黑雾”的威胁而建造起巨大的“墙”，地球因此被分割，全球的半数人口也因此被夺去故乡。而在人工都市“箱船”之一、第九个“箱船”经营侦探事务所的紫堂缘，是幸存的为数不多的日本人。他不仅对所有枪火器都能够运用自如，而且还能够使用发动全身的“气”的紫堂流忍术。这样的他工作中捉到了有盗窃嫌疑的男子，然而这名男子在缘面前显现出真正的样子。再加上悄然接近的巨大阴谋和组织，缘还会有胜利的机会吗！？