PSP版では追加要素として新規OPムービー、ニューヨーク編のシナリオが追加されているほか、画面の表示比率をハードに合わせ、16：9のワイド表示となっている。シナリオの主な追加部分としてSS版では戦闘のみであった獣神ロゴスと相手取るニューヨーク編と、その最中で禅剛とエースが火の紋章を発現させて火の勇者に目覚めるイベントがある。また、新規OPムービーもSS版と同様に全くボタンを押さずにタイトル画面を放置していると流れる。

その他PSP版の追加、変更要素は以下の通り。

オプションのセーブコマンドからいつでもどこでもセーブができるため、「真実の書」というセーブポイントがなくなった他、1つのメモリースティックに20のセーブデータを作成できるようになっている。
エピソード追加に伴い、メリーランドという新たなエリア、新たなエリアボス、既存のザコ敵の色違いバージョン、が追加された。
一部敵キャラクターのデザインが変更された。
エンディング後の後日談が、サターン版ではこれまで雷神たちが出会ってきた人物に焦点が当てられたものになっていたが、PSP版では雷神、夢見、夕能、エース、禅剛といった主要人物に焦点を当てたものになっている。またそれに合わせて新たに音声が新録されている。
奥義を使用しボスに止めを刺すムービーが削除された。
都来の芸者ロボの操作説明のセリフがPSPの○×□△ボタンに合わせて、音声が新録されている。
要塞アラモのセガサターンパッド型だった操縦桿が十字キーに変更された。
後述のタイアップ商品の削除。
「インディアン」という単語が差別用語にあたるとして該当部分が削除、あるいは「赤き民」に置換された。
ニューヨーク編において、赤い雨が降った後サターン版ではビマーナの停泊しているエリアまで戻ることができたのに対し、PSP版では戻ることができないようになっている。またイベント後のエリアで敗北した際の復活ポイントも変更されている。
夢見の奥義「運命の輪」が削除されている。
エースの奥義「怒りの鉄拳」、禅剛の奥義「侍魂」、魔法「クロック」「ジョスペル」が追加されている。
夕能の奥義「白鷹の舞」の説明に誤りがあり、敵全体に大ダメージとなっているが実際には自分の減ったHP分のダメージを与える。
奥義の効果説明の表現が「小ダメージ（旧：半分のダメージ）」「中ダメージ（旧：通常ダメージ）」「大ダメージ（旧：2倍ダメージ）」に変更されている。
雷王波の説明が敵一体に中ダメージとなっているが、正しくは1.5倍ダメージ。
通常ザコ戦闘曲が短縮されたものとなっている。
戦闘中に表示されるメッセージがほとんど省略されている他、一部敵のアニメーションが削除されている。
ラージスケールにおけるキャラクターの移動時のアニメーションの速度が遅くなっている。
ラスベガスで再視聴できる映画ムービー『マントー』シリーズ及び『炎とともに去りぬ』の再生仕様が変更されている。
サターン版では、ラスベガスをディスク1で訪れた場合は『マントー』シリーズが、ディスク2で訪れた際には『炎とともに去りぬ』が再生される仕様となっている。
PSP版では、ストーリー中で『炎とともに去りぬ』を見た所までストーリーを進めた場合、ラスベガスで『マントー』シリーズが見られなくなってしまう。
ジグソーパズルのミニゲームにおいて、パズルピースの種類と完成する絵の組み合わせが変更されている。
エンディングテーマ「二人のHAPPY END」が『天外魔境 第四の黙示録 ヴォーカル・セレクション』に収録されているバージョンに変更されている。