マリオゴルフ ファミリーツアーとGBAケーブルを介して接続可能。経験値や新キャラクター、アイテムなどを持ち帰れる。 メインモードはGBの三年後という設定で、マリオゴルフGBに出てきた主人公キャラが各コースのクラブチャンピオンになっている。また、今作の主人公とライバルキャラはキッドの弟子という設定。 GB版とは異なり操作可能なキャラクターやゲームモードが大幅に増えており、普通のゴルフゲームとしても楽しめる内容になっている。

GC版にあわせてバックティーが追加されたが、コースはそのものはマリオゴルフGBにほぼ準拠している。基本的にGBのティーはGBAツアーではノーマルティーとなっているが、一部バックティーになっているコースもある。なお、ラストコースのキノココースのみ、新作コースとなっている。また、キノココースにはグリーン以外にノーマルコースとスターコースの区別がない。ストーリーをクリアすると、クイックゲームモードで裏面ともいえる「スタートーナメント」が出現する。なお、キノココースはスタートーナメントにしか登場しない。これはGC版と同じルールであり、コースに仕掛けが加わる。性能の高いスペシャルクラブ（GBA版でのみ使用できる）をゲームショップの店頭で配信することができた。