本作は『スーパーマリオワールド』やマリオシリーズよりも前の時間軸。主人公となるのはヨッシーたちである。

赤ん坊だったマリオとルイージの双子の兄弟は、コウノトリに運ばれて2人の両親の家に届けられようとしていた。ところがこの双子はカメ一族の魔法使い・カメックの占いによって後にカメ一族の脅威となることが分かったため、カメックはこの双子の赤ん坊を強奪しようと企んだ。カメックはコウノトリを襲いルイージを奪うことはできたが、マリオはそのまま下へ落ちてしまう。マリオは運良くヨッシーたちの住む島「ヨッシーアイランド」に生息する1匹のヨッシーの背中に着地。そしてヨッシーたちがこの赤ん坊についてどうしようかと会議しているところ、マリオが「あっち、あっち」と指差し始めた。そこでヨッシーたちはルイージを救い2人の赤ん坊を無事に両親の元へ送り届けるため、マリオを交替で運びながらこの赤ん坊の指差す方向に向かい、冒険をすることになった。

本作はマリオシリーズの実質的なエピソード1とも呼べる作品でマリオとルイージがコウノトリに2人の両親の家に運ばれる途中の所からマリオとルイージが無事2人の両親の元へ届けられる所までが描かれる。

『スーパーマリオワールド』の続編として位置づけられており、欧米版のタイトルは『Super Mario World 2： Yoshi's Island』である。『スーパーマリオワールド』とゲーム内容こそ大幅に異なるものの、位置付け上はその関連作として製作されたものである。ただし、『スーパーマリオブラザーズ3の続編の続編』だからと言ってこの作品が「スーパーマリオブラザーズ5」というわけではない。

1995年に発売という事で、『スーパーマリオブラザーズ』発売10周年に相応しいソフトになっている。

型番は｢SHVC-YI｣であり、最後に旧形式の型番を使ったソフトである。

2002年9月20日にはゲームボーイアドバンス向けに移植を行い、『マリオブラザーズ』のリメイク版をカップリングした作品が『スーパーマリオアドバンス3』のタイトルで発売された。『ヨッシーアイランド』の移植にあたってはスーパーファミコン版に存在しない新ステージが追加されている。