20世紀初頭の欧州、スペインのラ・パルマ島に住むジョージ・ジョースターはアントニオ達に虐められながらも、幼馴染みのリサリサに助けられる日常を送っていた。そんなある日、彼女が養父の下へ去ってしまうという話を聞きつけ、彼女のために勇気を出そうとするジョージだったが、その矢先にアントニオが何者かに「皮一枚」にされて殺害されるという事件が発生する。
一方、2012年の杜王町においては、名探偵ジョージ・ジョースターの下に、もう一つの世界からやって来たという少年、九十九十九が現れた。