舞台は前作の二年後……。美和の一件によるショックで失踪した時人。その後、巴、滋乃そして千鶴は彼の消息を全くつかめないままでいた。彼の身を案じつつ、各々が穏やかな日々を過ごしていたのだ。そんなある日、大連にいる滋乃の兄から「時人らしい人物を見かけた」との手紙が届いた。決して確かな情報ではないが、3人は時人を捜しにはるか遠い地へ向かうのであった……。
大連行きの客船に乗り込んだ3人は、幼い女のコを連れた怪しげな一団に遭遇するが、それに気を止めている余裕もないほど、初めて大連の地に赴く興奮で胸が高鳴っていた。
大連の地に降り立った巴、千鶴そして滋乃たち御神楽探偵事務所のメンバーは、大連民政署で働く滋乃の兄、静斗に出迎えられ、街の案内を受けたのち、「時人を見た」という目撃場所を重点的に、彼の行方を捜し始める。そして目撃場所のひとつ《逢坂町教会》に行った時に事件は起こった。教会の神父・畑中が両腕を切断され死体として発見されたのだった。時人の姿を見たという情報があった場所で事件が起こる……時人の行方と事件は関係があるかもしれない……。
3人は、かつて御神楽探偵事務所の助手として数々の事件の捜査を行っていた頃のように、事件の調査に乗り出すのであった。《逢坂町教会》での捜査が一段落して、彼女達が宿泊しているホテルへ戻ろうとしたその時、巴の前に一人の謎めいた美女が現れたのだ。彼女は「神父は殺されるべき男だった」と不可解な言葉を残して立ち去ってしまった。その言葉に込められた真相はいったい……！？