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『トップをねらえ!&トップをねらえ2! 合体劇場版!!』（GUNBUSTER vs DIEBUSTER）
    OVA完結後の、2006年10月1日に東京・秋葉原のアキバ3Dシアター他で前作とカップリング上映された。1作目はオリジナルキャストで5.1chサラウンド新録音したサウンドリプライズ版、2作目は新作カットを含めた再編集版。
    2007年1月26日に、『トップをねらえ2! & トップをねらえ! 合体劇場版!!』DVD-BOX (初回限定生産)が発売され、2008年11月21日に『トップをねらえ2! 劇場版』Blu-ray、『トップをねらえ2! & トップをねらえ! 合体劇場版!!』Blu-ray BOX (初回限定生産)が発売されている。

『トップをねらえ2! OVA前編 / OVA後編』
    シリーズ35周年を記念し2023年6月9日より『トップをねらえ2! OVA前編』（1話～4話）、『トップをねらえ2! OVA後編』（5話～6話）に再構成した劇場版を上映。