本作は『ファンタシースターユニバース』(PSU) の続編。 前作とは主人公が違い、プレイヤーは新米ガーディアンとしてガーディアンズの女教官ライア・マルチネスと共にグラール太陽系を駆け回る。
前シリーズ・『ファンタシースターオンライン』(PSO) の舞台であった惑星「ラグオル」も登場する予定。武器の新カテゴリ、新ステージの追加、新モンスターの追加など様々な要素が追加される。
前作では交流に栄えていた都市が廃墟と化している等、前作までの世界に変化が見られる。
2007年4月5日から4月26日まで、ネットワークトライアル(クローズドβテスト)が開催された。
キャッチコピーは「RPG、新生。」