本作品は、集英社発行のテレビゲーム雑誌『Vジャンプ』創刊時の企画だった「G計画（プロジェクト）」の一つとして、集英社、ハドソン、レッドカンパニー（現：レッド・エンタテインメント）3社の合同によるメディアミックス企画として立ち上がった。当初は「空想科学世界ガリバー（仮称）」だったが、のちに「空想科学世界ガリバーボーイ」が正式名称となる。
当時、角川書店や小学館が得意としたメディアミックスに集英社が挑戦した意欲作であり、一部主要メカのデザインに集英社と関係の深い鳥山明、原案に『魔神英雄伝ワタル』や『天外魔境』シリーズなどでアニメ・ゲーム企画に実績があるレッドカンパニーの広井王子、『魔神英雄伝ワタル』のキャラクターデザインなどを担当した芦田豊雄、音楽にアニメ作品の楽曲を数多く手掛けている田中公平などのスタッフが顔を揃えた。
企画の主導がテレビゲームを扱う雑誌だったこともあり、企画参加しているハドソンによるPCエンジン用ソフトとしてのゲーム化をメインにスタートする。テレビアニメ化も決定したことによりそれぞれが同時進行で制作され、作品としてはテレビアニメの放映が先行することになった。