在未来，世界受宇宙风暴带来的暗物质影响，出现了一种流行病：暗病毒（Dark Virus）。感染者会变得极具攻击性并失去人性，而且通过接触会传染给其他人。但也有部分人能抵抗暗病毒的入侵，不仅改变了身体机能，完全控制了病毒，还获得了超能力。

故事发生在流行病出现100年后的地下城市，一名叫黑湟的军校少年遇上了暗病毒感染者。致人死亡的暗病毒，具有感知黑暗能力的军校少年，突然出现的异色妖瞳少女，以及她带来那裂空的一剑，是结束还是开端？