強敵、メンタリストに対するアンバサダーとイグナイト。
そのイクサにニンジャスレイヤーが介入してきた。

メンタリストの強力なゲン・ジツ、そのことごとくを打ち破るニンジャスレイヤー。
マッポ、デッカーの横槍がありつつも、見事メンタリストを降し、ニンジャスレイヤーがイクサを制した。

それを見たアンバサダーはキョートに繋がるポータルを開く。
そこにニンジャスレイヤーが迷わず飛び込むと、それを倒れたと思われていたメンタリストが追う……。

ポータルの中を進むニンジャスレイヤーだったが、
キョートではなく異世界めいた戦場世界の荒野に流れ着いてしまった。
その硝煙薫る荒野に金属質なピンク色のニンジャ装束が一つ……、ザ・ヴァーティゴだ!
アイサツを交わす二忍……。そこへさらにオバケめいたニンジャ、インクィジターが現れた!
果たしてニンジャスレイヤーは、無事キョートへ辿り着けるのか!

さらに新章「シャドー・コン」開幕!
秘密めかした闘技スポットで開催されるニンジャによるバトル・トーナメント、そこで起こる大番狂わせ……。
そこにはあのニンジャの影があった!!