前作『ポポロクロイス はじまりの冒険』から半年後。城の馬の様子がおかしいと、動物と話す能力を持つレオナを呼ぶようにピノンが命じられる。レオナを呼んだ後、かつての仲間マルコやルナとの再会を果たすピノンだったが、その直後、ポポロクロイスの人々が石化するという事件が発生する。石になった人々を元に戻すため、ピノンが再び旅に出る。

『はじまりの冒険』の続編に当たる作品。前作より仲間になるキャラクターが3人増え、より自由度の高い戦闘が可能になった。また、「フリック」システムや、Ex装備などの隠し要素、グローバルアクティブゲージの追加など、前作よりも攻略に幅が出ている。ストーリーのボリュームは全6章（終章を除く）の構成となり、プレイ時間ベースではシリーズ中最長である。