“彼女”と織りなす、真実のマテリアルブレイブ
死力を賭した絵奈との戦いの末、遙歩はアンリーシュトとしての能力を無くし、絵奈は繭状のエニグマタイトの塊となり眠りについた。
自らの能力を取り戻し、絵奈を元に戻すため、旅に出た遙歩と “彼女”。
しかし旅の途中、神尾城島の研究所より繭の絵奈に異常があったと知らせが入り、遙歩たちは再び神尾城島に戻ってくることになる。

神尾城島に戻ってきた遙歩たちが目にしたのは、新種のネオプラズムに襲われる研究所だった。
能力の無い遙歩は苦戦するが、“彼女” たちの助けを借りてなんとか絵奈の元に辿り着く。
旅立った時より、小さく縮み生体反応の弱った絵奈の繭。　近づくと絵奈の声が聞こえる。
だが同時に、新種のネオプラズムが遙歩と絵奈を襲う。
重傷を負いつつも、ネオプラズムを撃退した遙歩。 朦朧としながら絵奈の繭に触れると、あふれる光の中で絵奈の苦しげな声を聞く。
「終末の獣……新しい敵……」
その意味を理解する間もなく、意識を取り戻した遙歩。
しかし絵奈との再会は、遙歩のアンリーシュトとしての能力を復活させた。
絵奈がくれた力。 それを胸に遙歩はネオプラズムを退ける。
遙歩は “彼女” と共に学園に戻り、今回の事件を調べることにする。
帰ってきた遙歩を、チームメイトたちは再びリーダーとして迎え入れてくれるのだった。
「おかえり、鏑木遥歩！」
だが、数々の謎が遙歩たちチームユニゾンの前に立ち塞がる。
新種ネオプラズム、復活のエヴォルツィオン、終末の使徒、そして終末の獣……。
強大な敵との戦いの幕開け。　問われる力の在処は何処に――
――進化のその先へ。