TOKYO MER正式運用後から半年。MERを政令指定都市に拡大させる為音羽はMERを去る事になってしまう。音羽の代わりとなるセカンドドクター問題に喜多見は頭を悩ませていた。チーム内では比奈の昇格を望む声も上がるが、音羽は比奈に循環器外科の道に進むべきだと断言。比奈も音羽の代わりになれるのかとプレッシャーを感じていたことも重なり悩んでいた。そんな音羽の後任でメンバーに入ったのは同じ厚労省医系技官の青戸達也だった。表向きはセカンドドクター候補としての派遣だが、そこには厚労省側のある思惑があった。そんな中、隅田川で大型水上バスと屋形船の衝突事故が発生。屋形船はコントロールを失って暴走し45名が取り残されてしまう。その屋形船の中には比奈がオペを終えたばかりの幼い少女の姿もあった。屋形船の船艇からは燃料が流出し爆発の危機に。TOKYO MERは東京消防庁即応対処部隊と共に決死の救出劇に挑む。そして喜多見は全ての傷病者を救う為予想外の作戦に出る。
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