「私立ユーカリの葉学園」一年生の猫田くんは、不思議少女・蟻ケ崎さんと『放課後ひみつクラブ』で活動中。追試のヒミツ、学生バンドのヒミツ、学園祭のヒミツ、旧校舎のヒミツ…etc.蟻ケ崎さんにかかれば、なんてことない日常の出来事も、調べるにつけ、なぜか恐るべき真実に行き着いてしまう…! 蟻ケ崎さんをライバル視する先輩・黒薔薇さんも巻き込んで、今日も学園のヒミツをミッケる二人は大忙し…!!