章节列表[全部]:

人生にかけられた重い枷（かせ）。そこから目を逸らし生きてきた渡守ソウシ（窪田正孝）。
贖罪、そして再生のため、彼は世界の秘密を解き放つ。

15年前、世界各地に謎の「侵略者」が出没。公式には日本のある集落に巨大隕石が落下し巨大なクレーターが生まれ、そこから「宇宙からの侵略、使徒」が出現したと発表される。

使徒に対抗するため、特務機関「メンシュ」最高司令官、叶サネユキ（田中哲司）は部下の桜井エツコ（宮下今日子）とともに 四体のエヴァンゲリオンを開発。サネユキは自らの息子トウマ（永田崇人）をパイロットとしてエヴァンゲリオンに搭乗させる。
さらに、現場指揮官のイオリ（石橋静河）のもと、ヒナタ（坂ノ上茜）、エリ（村田寛奈）、そしてナヲ（板垣瑞生）ら少年少女 も パイロットとして秘密裏に配属され、彼らにはその 任務の証としてブレスレットが与えられている。

ある朝。ヒナタ、エリ、ナオが中学校の 教室で話をしていると、そこにトウマが現れる。
トウマは「僕らがやってることのすべては嘘の上に成り立っている」と言ってブレスレットを外し、この世界から消失する。

トウマの生死がわからず、それぞれに動揺する人々。
だが、サネユキは感情を あらわ にすることなく、対応策をエツコに指示する。

15年前、幼い頃に巨大隕石事故で両親と故郷を失ったイオリは、使徒がその惨劇を引き起こしたと信じ、使徒たちを倒すためメンシュに参加。 現在は司令官として前線に立っている。

次々と襲来する使徒、しかしパイロットたちの思いは様々でやがて彼らの思いはすれ違っていく。そしてイオリも自らのパイロットたちへの対応に疑問を持ち悩む。

イオリの前に 大学時代の友人であり、恋人だったソウシ（窪田正孝）が現れる。ソウシはイオリのことを気遣いつつ、エヴァパイロットが通う学校の臨時教師になったことを告げる。

そして三度目の使徒襲来で起きた 意外な出来事を通じて、人々の心は大きく動き始める。真実が次々と明らかに、そして驚くべき結末へと向かっていく。