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ある嵐の夜、少年ジム・ホーキンズとその母親が営む宿屋・ベンボー亭に、謎の老水夫ビリー・ボーンズがやってきた。
“黒犬”という海賊に襲われたビリーは、ジムに大切な書類を“一本足”から守るようにと託し、息絶えた…。
ビリーから渡されたのは、大海賊フリント船長が隠した宝島の地図であった。
帆船・ヒスパニオラ号に乗り込み宝島へ出航するジム。
だが、気になるのは、一本足の料理長ジョン・シルバーであった。
ジムは、シルバーがビリーの恐れていた“一本足”ではないかと疑うが、
自分の目の前で黒犬を倒したシルバーの姿を目撃したことから、疑う事をやめ、シルバーと仲良くなったのだった。
航海は順調に進み、宝島まであとわずか。そんな時、水夫が反乱を企てているとの噂を耳にする。
ジムとシルバーの調べで、反乱は勘違いであることが判明。
しかしその夜、偶然にもリンゴ樽に落ちてしまったジムは、信じられない光景を目にしてしまった…。