作品としては2003年に発売されたドラッグオンドラグーンの続編にあたるが、前作で複数の分岐を見せた未来の一つで、どの結末とも連続していない。 前作から18年後の世界が物語の舞台となっている。エンディングは3つ。
ゲームシステムは前作のそれに部分的拡張を施しただけで、ほぼ同一である。サブタイトルの『封印の紅、背徳の黒』とはアンヘルとレグナのことを表している。 主題歌は中島美嘉の『ひとり』。


18年前、連合軍と帝国軍との間で大きな戦争があった。 そして、一人の少女によって世界は崩壊への一途をたどっていた。 しかし後に英雄と呼ばれるカイムとドラゴン「アンヘル」、仲間たちの活躍によって世界の崩壊は防がれた。 それから18年後、封印は英雄ヴェルドレにより結成された封印騎士団により守られていた。 そして、騎士団に所属する少年「ノウェ」、人々から聖女と崇められる女性「マナ」。 この二人の出会により止まっていた歯車は再び動き出すことになる。