一个普通的少年巴雷鲁，在陨石落下时，突然被街上所出现的未知生命体袭击而因此卷入战斗之中，并且与突然出现的少女‧菲一起驾驶艾克斯普拉乌迎战。这个神秘现象被抚子号认为是因为被叫作“バルドナ・ドライブ”的设施所影响而造成的，但在他们前往设施那里时，却在那边出现一个谜之机体挡在他们面前，还因为设施的启动而让他们跟着被丢到另一个空间。那里就是“另一个地球”。

本作故事则是ACE2的续集。并且以平行世界的盖塔、交响诗篇、高达X、返乡战士的故事为主轴，还附随剧场版机动战舰、机甲战纪、逆袭的夏亚、麟光之翼、Macross Plus等作品来进行故事。在继承从前作登场的作品、对于机甲战纪、G高达、高达W、机动神脑、圣战士DUNBINE、超时空要塞都是采用原作结束后的设定。另外机甲战纪、Macross、高达W的故事则与本作故事毫不相关而接近客串的性质（就连高达W也只有一台机体登场）。至于高达、∀高达、高达SEED三部作品则是机体与驾驶都一起登场。