ガリア解放から半年、扶桑に戻り平和な日常を過ごしていた宮藤芳佳のもとに亡き父からの手紙が届く。困惑する芳佳だったが、そこへ新たなネウロイ出現の報せが！　大切なものを守るため芳佳は再び空へ飛び立つ!!