ストーリーは、捜査局に雇われた私立探偵マシュー・ファレルが、ある晩ニューヨークの精神病院で発生した怪事件の捜査を任されたところから始まる。

　駆けつけた現場で彼が目にしたのは、暴れまわる異形の集団だった。危機に陥ったマシューは自ら怪物へと姿を変え、からくも敵を撃退する。

　怪事件の裏に隠された真実を解明するため、マシューの捜査はアメリカに留まらず、遠く離れた日本や中国といったアジアから、遙かヨーロッパの国々へと広がっていく。彼は長い旅の中で信頼できる仲間たちと出会い、運命に導かれた強敵と対峙する。

　『ペニーブラッド』は、怪物を倒すために怪物となった、ひとりの男の物語である。