宇宙海賊船ザノン号は地球侵略を開始する。それに敵対するキララたち3人の異星人（スーパーガール）は超能力を使うとザノン号に狙撃されるため、表立った活動ができずにいた。
宇宙海賊による侵略の使者としてギャオスが出現した折にキララたちは圭一少年と出会い、「ガメラ」という正義の怪獣の存在を知る。その直後、ガメラは新宿に姿を現し、ギャオスを倒すために飛び去った。
スーパーガールはガメラを支援し、宇宙海賊の送り込む怪獣群を迎え撃つ。
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スーパーガールはガメラを支援し、宇宙海賊の送り込む怪獣群を迎え撃つ。