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時は戦国時代。先祖代々、ヒラ忍者の家に生まれた乱太郎は、一流の忍者になってほしいという両親の期待を胸に、忍術学園に入学。
そこには堺の豪商の息子・しんべヱや、戦で親をなくしながらもたくましく生きるきり丸がいた。
忍術学園の生徒は忍者のたまご、『忍たま』と呼ばれる。
忍術学園には、ナゾの天才忍者だった学園長をはじめ、ユニークな先生や上級生、ちょっと手ごわい「くの一教室」の女の子たちや忍犬ヘムヘムなどがいて、とってもにぎやか！
乱太郎たち三人組は、授業も試験も失敗ばかり、いつもなぜかロクでもないことになってしまう。りっぱな忍者になるには、まだまだ遠い道のりだけど、忍たまの毎日は、明るく・楽しく・愉快、なのだ！