メガCDにも『MEGA Schwarzschild』というタイトルで移植された。『Super Schwarzschild』に比べ大きく刷新されたリアルタイム制の艦隊戦システムが特徴で、PC版をベースにしたシナリオにアニメーション映像や声優を起用したデモシーンが追加されているほか、メガCD版では独自となるリアルタイムで行われる艦隊戦＆要塞戦は戦闘開始と同時に艦隊が展開し、指揮官が指令を出すまでの流れや、フォーメーション変更によって戦況が劇的に変わる演出などが組み込まれている。