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時は25世紀。新天地を求めて地球を出発した恒星間移民船は、ブラックホールを抜ける旅の果てに、惑星イズモに到達した。地球人たちはそこで入植を開始し、イズモ人たちと共存する平和な村落が発達し始めていた。

それから12年後、ヤマタノオロチの復活を目論むツクヨミの配下が平和な村を襲いはじめる。地球人入植者ヤマト夫妻の子、少年ヤマトタケルは、戦火の中で偶然に魔空戦神スサノオを発見する。スサノオに乗り込んだタケルはツクヨミの配下を撃退したものの、暴走するスサノオは開拓村まで焼き払ってしまう。

村を追放されたタケルは、ツクヨミの野望を阻止するため、スサノオに導かれるように仲間たちと冒険の旅に出発するのだった。