人類が汚染菌類によって滅びてから数百年後の世界。

とある廃墟でロボットは一人の少女・トリコと出会う。
ロボットは後に出会ったファクトリーAIと協力し、生存環境「テラリウム」を作りあげトリコをお世話していく。

トリコのお世話は容易ではなく、様々な困難がロボット達に降りかかる。
汚染菌類がトリコにもたらす奇妙な病気トリコを利用して人類復興を計画する存在の出現破壊されるファクトリーAI……

それらをすべて乗り越えたロボット達は再びトリコをお世話する日々に戻ろうとしていた。

そんな矢先、トリコの身体が少しづつ朽ちていく症状が現れる。
これまでの病気とは違い、はっきりとした原因がわからない。
なぜ、トリコの身体が朽ちていくのか。
その謎の答えを求めて、ロボット達はトリコや人類の過去を調査し始める。

すべてはトリコを生き延びさせるために――