舞台は紀元前1400年頃のエジプト新王国第18王朝であるアメンポテフ王朝の時代。ファラオの息子で「千年パズル」の所有者でもある若き王子は、王位継承者という立場とは裏腹に、夜な夜な城を抜け出してはカード仲間たちとデュエルに興じていた。

しかし、この世を我が物とする野望を胸に抱く神官長・ヘイシーンが遺跡で強大な闇の力を手にすることに成功。さらに王家に伝わる伝説の「千年アイテム」を求め、突如反乱を起こした。王と王妃は捕らえられ、残された王子は単身ヘイシーンにデュエルを挑むが敗北する。追い詰められた王子はヘイシーンの野望を阻止するため千年パズルを砕き、その中に自身の魂を封印する。そして、いつの日か再び千年パズルが本来の姿を取り戻す日が来ることを信じ、眠りについた。

それから数千年の時が経ち、舞台はエジプトから遥か遠く離れた現代の日本へと移る。王子に瓜二つの姿をした少年・武藤遊戯が千年パズルを完成させたことで王子の魂は目覚め、デュエルモンスターズ世界大会の場で二人の魂は邂逅する。王子は元の世界に戻るため遊戯に千年アイテムを集めるよう協力を依頼し、やがて時空を超えて過去の世界へと旅立つ。古代エジプトに舞い戻った王子は生き残っていた仲間たちと再会し、ヘイシーン一派に戦いを挑むのだった。