光，海，风，三位少女受到异世界的艾美诺公主召唤来到锡菲罗，成为传说中的魔法骑士，为了拯救公主而与大神官谢加图作战，但当她们终于战胜谢加图时才发觉……一切一切的悲剧，只因为爱上了一个人。魔法骑士第二部讲述失去了公主的锡菲罗日渐荒芜，诸邻国对其虎视眈眈。光儿，海儿，风儿再次来到锡菲罗……谢加图之弟蓝迪斯及其好友伊格鲁怀着各自的目的，探求“支柱之路”的秘密。成为“支柱”，不允许爱上任何人，注定孤独一生。为了这个世界的幸福而日夜祈祷，然而，又有谁，又有谁来守护这个少女的幸福，又有谁为这个少女而祈祷?支柱，这个残酷的制度到了该终结的时候，维护这个世界的幸福是所有人的责任!

1993年、東京タワーでの社会見学中、中学2年生の3人の少女光、海、風が偶然出会った途端に異世界「セフィーロ」に召喚される。導師クレフの導きを受けて、3人は魔法騎士（マジックナイト）としてセフィーロを救う旅に出る。神官ザガートがセフィーロの要である“柱”のエメロード姫を捕らえ、セフィーロは危機に陥っていたのだ。ザガートを倒すための協力者らと出会い、立ちはだかるザガートの手下を退けながら、数々の困難を乗り越えることで武器と防具を成長させ、ついに魔神を手に入れた3人の魔法騎士。彼女らがザガートに戦いを挑んだその先には…。