宇宙世紀0089年2月、サラミス改級「デルフォイ」に配属されたヨーンは恋人アイリスと再会を果たす。そこにネオ・ジオンの攻撃を受けていたダモクレス基地との連絡が途絶えたの一報が入る。ネオ・ジオンの目的はダモクレスによる隕石落としと推測されたためデルフォイは僚艦シラクサ、カタニアと共に奪還作戦に従事。ジオンの古強者オーラフを下しダモクレスの奪還に成功する。しかし、オーラフの最期の言葉によってダモクレスは囮であり彗星C/UC0089こそが本命と判明。ガンダムの活躍をよく思わない地球連邦軍上層部によって、デルフォイ艦隊は増援のないままC/UC0089の奪還作戦を決行する。