「どなたでしょう……?」「少女はアリスですっ。せんせいが好きなのです」

冬休み、年末の学園都市。
ある朝、上条当麻が目を覚ますと何故か同じ毛布にアリスという謎の金髪少女が!? しかし、この状況に振り回されていはいられない! 『ハンドカフス』作戦で掃討された『暗部』、その生き残りを乗せた特別列車が衝突事故を起こし、凶悪な囚人達が街へと逃げ出したのだ。
激化する戦闘、露わになる『暗部』の恐怖。しかし何も知らない上条達がとっさに手を差し伸べたのは、よりにもよって滅法凶悪な花露妖宴で?
上条と共闘することになった『暗部』は、少しだけ何かが違う。お人好しバカ上条当麻(謎の少女アリス付き)と極限の闇が交差する時、物語は始まる――!