怪獣は現れたが、ヒーローはいない。人類は己の力のみで平和を勝ち取る事ができるか――!? 怪獣の東京出現を受けて、都、警視庁、そして自衛隊特殊災害対策室『TaPs』は駆除作戦に動き出す。しかし、怪獣はなかなか姿を現さず……。“いる”はずなのに見えない脅威に――。