旧シリーズ第1作である『第2次スーパーロボット大戦』（以下第2次）のゲームボーイ（以下GB）向けリメイク版。ファミリーコンピュータ（以下FC）用ソフトであるためプレイ困難であった『第2次』を未プレイのプレイヤーに向けて制作されたものと思われる。

『機動戦士Vガンダム』と『機動武闘伝Gガンダム』が追加参戦。また、『第2次』と『第3次スーパーロボット大戦』（以下第3次）で設定に矛盾が生じていたレコア・ロンド、プルツーなどが登場しなくなっている。

一方で、本来は『第3次』より登場する剣鉄也とリューネ・ゾルダークが参戦している。条件付きの隠しキャラであるリューネはともかく、鉄也の参戦は『第3次』と矛盾する描写になっている。また、後に発売される『第4次』のリメイク作『スーパーロボット大戦F』（以下F）では、『Gガンダム』が本作と異なる展開で改めて参戦しているため、そちらとも繋がらなくなっている。

前述のレコアやプルツー、彼女らの乗機などはデータ上に（グラフィックや戦闘メッセージなども完全な形で）入っており、これらを流用した上で矛盾を解消した「第3次G」を作成する予定もあるいはあったのかもしれない。

位置づけとしては『第2次』のアナザーストーリーにあたり、国連によって抹消された記録が含まれているとされる。