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異能者ひしめく混沌都市、ヨコハマ。貧民街で生きる孤児の芥川龍之介は、ならず者たちの襲撃によって仲間の命を奪われた。それは「心なき狗」と呼ばれた少年が、瞳に初めての〝憎悪〟を宿した日。そこへあらわれた黒衣の男は、復讐へと駆り立てられる芥川を嘲り、実の妹・銀を連れ去ってしまう。「やはり部下には、もう一人の彼を選ぼう」という言葉を残して。

４年後。餓死寸前で川べりをさまよっていたところを「武装探偵社」の織田作之助に拾われた芥川は、その推薦のもと働きはじめる。だが、ある雨の日だった。喫茶店のカウンターで偶然にも肩を並べた少年は、武装探偵社への遣いだと話す。その者こそ、表情一つ変えることなく敵を屠り「ポートマフィアの白い死神」の異名で恐れられる、中島敦。敦は、自分を地獄から救い出してくれた首領を信奉し、命じられるがままに動くことを誓っていた。そうとは知らず、芥川が受け取った封筒の中に入っていたのは、行方を探し続けた銀の写真で……。

「ついに来た……第四段階」。すべては、闇に染まる黒衣を纏うポートマフィアの首領・太宰治の企てる計画の中にあった。国家に匹敵する武力を持つに至った組織の長が、真に求めるものとは？　少年たちの邂逅の先に何が待つのか――？