高校生・天宮晴輝の住む町は、ある日突然、人を襲う“保菌者”によって埋め尽くされてしまった…。蠢く大量の“保菌者”から逃げ切れるのか!? 絶望的サバイバル、開幕! 変わり果てた人間が町を襲い、変わり果てた町が人を阻む!! いつもの道を、命を懸けて駆け抜けろ!

犯人打倒の鍵となるのは天宮晴輝! 天宮螢の仮説を聞いた紗月は、晴輝救出に隔離地域へと向かう決意をする。一方、隔離地域の山中で姉と身を潜めていたきららは、米軍から「晴輝が狙われている」という情報を聞き、心が揺れ始める。そして、香里が託した情報エネルギーを取り込んだ晴輝! 悶え苦しみ続けるその先に待つのは…!?