高校生・天宮晴輝の住む町は、ある日突然、人を襲う“保菌者”によって埋め尽くされてしまった…。蠢く大量の“保菌者”から逃げ切れるのか!? 絶望的サバイバル、開幕! 変わり果てた人間が町を襲い、変わり果てた町が人を阻む!! いつもの道を、命を懸けて駆け抜けろ!


巨大な香里像から発せられた犯人のメッセージ。感染は遂に世界に拡大し、各地で感染者が人々を襲い始める。隔離地域の中で情報を遮断され、世界の情勢を知らぬまま彷徨う晴輝。一方…山形に脱出した紗月は、晴輝を救い出すため動き出す。「天宮隊長の後を託された」。そう大ウソをついた紗月は、隊長代行として、保菌者排除に乗り出すが……。