20世紀初頭、人間社会では第一次世界大戦が勃発し「戦争の世紀」となっていた。その裏では、人間社会の打倒を目論む恐竜たちからなる秘密結社「殻の中の騎士団」が強力な大量破壊兵器を開発し、暗躍していた。

元「イフの城」工作員リリー・アプリコットは、我が子であるサモエドとシェルティの兄妹とともに「アプリコット商会」を経営し、「殻の中の騎士団」の野望を防ぐため立ち向かっていく。