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197X年、アリューシャン列島のアスカ島で行なわれた国際核実験は太平洋の大部分に影響を及ぼし、怪獣島やシートピア海底王国も被害を受ける。復讐に燃えるシートピアの司令・アントニオは地上人に報復すべく大規模な地殻変動を起こしたうえ、自国の守護神である怪獣・メガロを地上に派遣して攻撃させる。メガロは迎え撃つ防衛隊を壊滅させ、市街地やコンビナートを次々と破壊する。さらに、シートピアは青年科学者・伊吹吾郎の作った等身大ロボット・ジェットジャガーを強奪し、水先案内を行わせる。

だが、ペンダント形のマスターコントローラーがシートピア人に気付かれなかったことにより、ジェットジャガーは吾郎たちに奪還され、ジェットジャガーは怪獣島へゴジラを呼びに行った後に独断で巨大化し、メガロに立ち向かう。シートピア人がこれに対抗してM宇宙ハンター星雲からガイガンを呼び寄せたため、2対1となったジェットジャガーは劣勢となるが、そこにゴジラが駆けつける。ジェットジャガーとゴジラの強力タッグの前にガイガンは宇宙へ逃げ去り、シートピアもメガロを撤退させて地上人への報復を断念する。

死闘を終えたジェットジャガーは、等身大に戻ると意思を失っていた。吾郎たちは、ジェットジャガーが再び意思を持つ必要のない平和な世界を望みながら、帰途に就くのだった。