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漁船・第三北海丸を破壊したゴジラが北海道根室市に出現した。ゴジラ予知ネットワーク (GPN) を主宰する篠田雄二は、娘のイオ、雑誌『オーパーツ』の記者である一ノ瀬由紀らと共にゴジラと間近で遭遇し、発電所を破壊するゴジラの姿に「ゴジラは人間の作り出すエネルギーを憎んでいるのではないか」と感じる。

時を前後し、鹿島灘沖の日本海溝で強い磁力を帯びた岩塊が発見された。新しいエネルギー資源の可能性を見いだした危機管理情報局 (CCI) の宮坂四郎は、局長の片桐光男に引き上げを進言する。しかし、岩塊は引き上げ作業中に自力で浮上してしまう。最深部で6千万年前から7千万年前のものと推定される岩塊の内部には、地球外生命体が存在するものと推測される。

ゴジラは海中を南下し、茨城県東海村の原子力発電所を狙う危険性が高まる。片桐は久慈川河口に自衛隊の部隊を展開させ、新兵器フルメタルミサイルでのゴジラ打倒を図る。上陸したゴジラと自衛隊との戦闘のさなか、岩塊が飛翔してゴジラに攻撃を始める。ゴジラも放射熱線でこれに応戦した結果、相撃ちとなってゴジラは海へ去り、岩塊は金属質の本体の一部を露出させた状態で北浦に墜落し、その動きを止める。

東海村でゴジラの表皮を採取した篠田はゴジラの細胞が持つ治癒能力に着目し、宮坂を通してCCIの設備を使用して解析を進めようとするが、片桐は条件として篠田が持つゴジラの情報の開示を要求する。細胞を精査した篠田は、そこから細胞の復元と修復を行う形成体を発見し、オルガナイザーG1と名付ける。

翌朝、北浦の岩塊は日の出とともに動き始める。外側に張り付いていた岩を振動で完全に払い落とすと、飛行体は新宿に飛来し、『オーパーツ』編集部が入ったシティタワー屋上に着底する。夜になると飛行物体は肉眼では見えない触手を伸ばし、周辺地域のコンピュータに対してクラッキングを仕掛けてゴジラに関する情報を集めると同時に、大気組成を変え始める。

片桐はこの巨大UFOを危険と見なし、ブラスト・ボムでの破壊を決断する。爆破直前のタワーにとどまってエイリアンの狙いを探っていた由紀に代わり、篠田はデータの入ったモバイルパソコンを持って脱出を試みる。制止する宮坂の声を無視し、片桐は爆破を強行する。

かろうじて崩壊するタワーからの脱出に成功した篠田は、エイリアンの目的が「地球を自分たちに適した環境に作り替えること」と、「ゴジラが持つオルガナイザーG1から、長い時間で失った肉体を取り戻すこと」であると片桐たちに語る。そんな折、東京湾にゴジラが出現し、UFOがいる新宿を目指す。