世界各地の都市が、人間を襲って成長する巨大植物の侵食を受けつつある時代。それに対抗するべく出撃するプロトタイプ・ゲッターロボだが、1号機のパイロット・山之木三尉はゲッターを乗りこなせず、独断で戦線離脱した揚句に死亡してしまう。そこへ現れた少年・竜牙剣。植物に支配されたD市で1か月生き延びていたという彼は初めて乗った1号機を乗りこなし、見事に初陣を飾るのだった。

やがて、すべてはプロフェッサージャコフの陰謀だと分かる。ゲッターのパイロットである3人の少年は、過酷な運命を背負いながら戦い続けるのだった。