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苛烈な拷問を受けていたボトムズ乗り、キリコ・キュービィー。彼は警備の隙をつき、メルキア軍基地から脱走することに成功した。しかし、最高機密“素体”を目撃してしまったキリコには、かつて自分が所属していたメルキア軍から追われ続ける宿命が待っていた。
流れ着いたウドの街でゴウト、バニラ、ココナたちと出逢ったキリコは、人間らしい心を取り戻していく。そして、自分の運命を狂わせた秘密結社、ウドを支配する治安警察と苦闘を繰り広げる中、キリコはかつて小惑星リドで目にした素体に遭遇する。だが、完璧なる兵士“パーフェクトソルジャー”たるべく誕生したはずの素体の心には、ひとりの女性として、キリコへの愛が芽生えていた……。
高橋良輔監督の手による大胆な再構成と、ジオラマを撮影した実写版オープニングにより、テレビシリーズ第１章の見所がここに凝縮！