アサメタウンに住んでいるポケモントレーナーの少年・エックスはポケモンバトルのジュニア大会で優勝し、次期四天王候補等と持て囃され、一目置かれていたがマスコミや取材陣が原因で家に引きこもるようになってしまう。元サイホーンレーサーでスカイトレーナーを目指すエックスの幼馴染の少女・ワイを始めとする友人たちはなんとか彼を家から出そうとするが、それは叶わずにいた。
ある日、ワイ達がいつものようにエックスを説得している途中、ゼルネアスとイベルタルの伝説ポケモン2匹が戦いを始め、アサメタウンは壊滅的な被害を受けてしまう。さらに混乱の中でエックスは所持品のメガリングを「フレア団」と名乗る組織に狙われ、自宅も燃やされてしまう。
一連の事件によって大切なものを失ったエックスたち5人はアサメタウンから出発することになる。