本作是沿用机巧少女不会受伤的世界观，把舞台移到二十世纪前半的日本，
关于特高部队"机巧改"的队士们行动的故事。

機巧魔術の発展により、反政府勢力や犯罪者集団までもが魔術を武器とする時代。帝都・特高警察内には対魔術専門の部隊、【機巧禁賊改メ方】――通称【機巧改(きこうあらため)】が設置された。純白の乙女型自動人形をつれ【機巧改】に入隊した新人隊士・芥ヤマト。彼の目的は、【機巧改】に復讐をはたすことだった!!