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M78星雲ウルトラの星では、まだ子供だったウルトラマンタロウが一人前のウルトラ戦士を目指して特訓に励んでいた。怪獣は凶悪な存在ゆえに倒さなければならないと考えていたタロウは、ウルトラの星に生息する善良な怪獣ドックンとの出会いを機に、それが間違っていることを知る。

特訓を続けながら成長したタロウはある日、訓練中にウルトラの父が自分に実戦を許してくれない理由を考え、それが理由でミスを犯す。それこそ、ウルトラの父がタロウに実戦を許さない理由だった。しかし、ウルトラの父に一喝されたタロウは己の慢心を認め、以前よりも特訓に力を注ぐようになった。

そして、遂にタロウに実戦を許される時がきた。ウルトラマンと引き分けたメフィラス星人が、ウルトラセブンに倒されたエレキングを改造エレキングに強化改造し、地球に再び現れたのである。タロウは改造エレキングとメフィラス星人を倒したが、ウルトラの父から「まだ学ばねばならないことがある」と特訓を続けさせられる。

不満を抱きながらも特訓を続けるタロウは、不思議な夢を見た。それを聞いたウルトラの父は尋常ではない驚きぶりを見せると、タロウに最後の特訓を課した。それは、ウルトラの父が頭部のウルトラホーンから発したエネルギーを、タロウが自分のウルトラホーンで吸収するというものだった。この特訓こそ、かつてウルトラの父が倒し、今また復活しようとしている宇宙の帝王ジュダを倒すためのものだった。

そして、復活したジュダの配下とウルトラ兄弟の戦いにタロウが参戦する。