《神藏》的故事开始发生在金陵。金陵有座山叫做方山，山上有座道观颓败不堪。小道士方逸刚出生没几天就被父母抛弃在道观外，是道观里的老和尚收留了他并把他养大。方逸被老道士收留时，仅有身上佩戴的一块由高僧眉骨制作的、神秘的佛门法器嘎巴拉。老道士死后，方逸遵师嘱下山，与自己的少年伙伴一起进入现实世界。在一次车祸中，嘎巴拉融入了他的身体，从此方逸竟具有了改变物件岁月的超能力。凭此异能，他闯荡于文玩行当，结识警花，古墓探险，追查身世……