1945年冬、"C.A.N.Y." との壮絶な戦いは、ポツダム宣言の受諾を承認しない軍国主義者のクーデターとして処理された。
が、"C.A.N.Y." によってもたらされた脅威は世界に暗い影を落としていった。
一方、アメリカ国防総省に厳重に封印されていた "C.A.N.Y." の新型兵器データが何者かによって外部に流出した。
それを手に入れ再び世界を混沌へと引きずり込もうとする新たな組織 "F.G.R."！
この事態を受けて新兵器開発実験部隊としての任に就いていたストライカーズが、再び世界の護り手として招集された！