巨人がすべてを支配する世界。巨人の餌と化した人類は、巨大な壁を築き、壁外への自由と引き換えに侵略を防いでいた。だが、名ばかりの平和は壁を越える大巨人の出現により崩れ、絶望の闘いが始まってしまう。

ジークがエレンに託した計画、それはエルディア人すべてを安楽死させるものだった。計画の鍵を握るのは始祖の巨人の力を持つエレンと、王家の血を引く巨人であるジークの接触。リヴァイら調査兵団による包囲網を突破し、ジークは自由の身となるが、そこにマーレ軍が現れる。エレンとジークの接触は果たされるのか……。