■博士が消えた事件の真相とは！？謎の犯人を追い詰めろ！

阿笠博士の家を訪れたコナンと少年探偵団。しかし、部屋は何者かに荒らされ、博士の姿は無かった・・・。
緊迫した空気が流れる中、彼らのもとに届いたのは謎のゲームソフトと、１枚のメッセージカード。

「少年探偵団の諸君、阿笠博士を返して欲しければ、私からの贈り物を解いてくれたまえ。――ヌオウ」

博士の身に一体何が起きたのか！？ヌオウとは誰なのか！？
そして、送られてきたゲームソフトに隠された謎とは！？

犯人からの挑戦を受けて立ち、消えた博士の謎を解き明かせ！真実はいつもひとつ！！